Sverige gick in i halvtid med en knapp ledning, 37–36, men i andra halvlek föll man ihop.
Hemmalaget tog hem andra halvlek med 43–24 och kunde vinna matchen med 18 måls marginal.
Fredagens match spelades inför publik och sändes på tjeckisk tv. Lördagens tillställning skedde i stället bakom stängda dörrar.
Efter helgen återvänder nu landslaget till Södertälje för att fortsätta sitt EM-förberedande träningsläger. Sverige ska möta Frankrike och Turkiet i två träningsmatcher innan man premiärspelar i EM mot Slovakien den 17 juni.
Blågult saknar där nyckelspelare som Amanda Zahui, Regan Magarity och Louice Halvarsson.