Söndagens tävling, Jizerská50, gällde över 50 kilometer klassisk stil och när Nilsson passerade mållinjen var det drygt tio minuter efter vinnaren Kasper Stadaas, som därmed bröt Emil Perssons sju tävlingar långa segersvit.
Persson har inlett säsongen strålande och vunnit de sex inledande tävlingarna som han kommit till start i, men under söndagen fick svensken nöja sig med en elfteplacering.
De norska åkarna tog hand om alla topp 5-placeringar och bäste svensk för dagen blev Max Novak, som slutade sexa, sekunden före landsmannen Oskar Kardin som blev sjua.
I sammanställningen placerar sig Klas Nilsson på 30:e plats med 344 inkörda poäng.