Segermålet för Skellefteå stod Jonathan Johnson för 17.37 in i tredje perioden.
Skellefteå tog ledningen efter 7.30, genom Zeb Forsfjäll på pass av Leo Sundqvist och Oskar Nilsson. Efter 4.49 i andra perioden nätade Peter Schneider, på pass av Ryan Murphy och kvitterade för Salzburg.
Skellefteås Oskar Nilsson gjorde 1-2 efter 6.11 framspelad av Marcus Eriksson.
Jonathan Johnson gjorde dessutom 1-3 efter 7.27 på pass av Oskar Vuollet och Jonathan Davidsson.
Salzburgs Thomas Raffl gjorde 2-3 efter 11.34 framspelad av Benjamin Nissner och Ryan Murphy.
3.24 in i tredje perioden nätade Salzburgs Lucas Thaler framspelad av Troy Bourke och kvitterade för Salzburg.
17.37 in i perioden slog Jonathan Johnson till på nytt och avgjorde matchen för Skellefteå.
När lagen möttes senast slutade det med seger för Skellefteå med 4-0.
Söndag 8 september möter Salzburg Sönderjyske hemma 15.00 och Skellefteå möter Straubing Tigers borta 14.30.