Beslutet har tagits av SvFF:s styrelse efter ett initiativ från generalsekreteraren Håkan Sjöstrand.
"Han har bett om det både för sin egen och för svensk fotbolls integritet och trovärdighet. Förbundsstyrelsen har största respekten för Håkans vilja och har idag fattat beslut i enlighet med generalsekreterarens förslag", skriver ordföranden Karl-Erik Nilsson i ett sms till SVT.
I förra veckan rapporterade SVT att 400 000 kronor hade försvunnit från SvFF:s jämlikhetsprojektet "Alla är olika – olika är bra" som livsmedelsföretaget Ica har stöttat med miljonbelopp. Pengarna har i stället hamnat i en idrottsförening där en SvFF-anställd haft en nyckelroll.
Även statliga Allmänna arvsfonden, som beviljat omkring nio miljoner kronor i samma projekt, ska utreda vad som skett.
– Vi ska granska kontoutdrag, huvudboksrapporter, resultatrapporter, lönespecifikationer och kommer att ställa frågor om det gjorts transaktioner mellan projektet och närstående personer, säger Hans Andersson, enhetschef vid Arvsfondsavdelningen vid Kammarkollegiet som förvaltar Allmänna arvsfonden, till SVT.