Inget av lagen lyckades göra mål under första halvlek, men efter pausen slog Teodor Wärne till på straff och gav Boden ledningen.
Alfred Hansson ökade Bodens ledning med knappa kvarten kvar. 0-2-målet blev matchens sista.
Efter fyra matcher har Skellefteå nu nio poäng och Boden har tolv poäng.
Nästa motstånd för Skellefteå är Bergnäset. Lagen möts söndag 9 juni 13.00 på JIAB-vallen.