Mateo Jonasson Marklund stod för Skellefteå FF:s avgörande mål efter 34 minuter.
Segern var Skellefteå FF:s fjärde på de senaste fem matcherna.
Det här betyder att Skellefteå FF leder serien, och Morön är på sjätte plats.
Nästa motstånd för Skellefteå FF är Boden. Lagen möts söndag 1 september 17.30 på Bodens Energi Arena.