Philip Näslund gjorde två och Severin Tatolna ett mål för Skellefteå.
Skellefteå har fyra segrar och en oavgjord på de senaste fem matcherna, medan Kiruna har två vinster, en oavgjord och två förluster.
Det här var sista matchen och resultatet betyder att Skellefteå slutar på fjärde plats, och Kiruna på åttonde plats.