Linus Almqvist gjorde matchens enda mål i andra halvleken.
- Vi gör en jättebra match och jag är sjukt stolt över grabbarna, tyvärr vill det sig inte riktigt men jag kan inte begära mer av dom, tyckte Moröns tränare Simon Eriksson, efter matchen.
Resultatet betyder också att Skellefteå har hållit nollan i tre matcher i rad.
Med fyra omgångar kvar är Morön sist i serien, medan Skellefteå är på åttonde plats.
Morön tar sig an Stöde i nästa match borta lördag 26 september 15.00. Skellefteå möter samma dag 14.00 IFK Östersund hemma.