Matchens enda mål kom i andra halvleken genom Isac Hedlund.
Isac Hedlund stod för Skellefteå FF:s avgörande mål efter 90 minuter.
För Skellefteå FF gör resultatet att man nu ligger på åttonde plats i tabellen, medan Boden är på fjärde plats.
I nästa match möter Skellefteå FF Bergnäset borta på lördag 9 oktober 14.00.