Hemmalagets mål gjordes av Samuel Degerstedt och Ieltsin Jeronimo Semedo Camoes, medan bortalagets mål noterades på Steve Zishim Bawa 2 och Renan Correa Faustini.
För Skellefteå FF gör resultatet att man nu ligger på åttonde plats i tabellen, medan Boden leder serien.
Nästa motstånd för Skellefteå FF är Sandvik. Lagen möts lördag 14 maj 15.00 på Nolia.