Hyundaiföraren vann med 22,2 sekunders marginal ner till stallkamraten Craig Breen, Irland.
Rallyt i Estland var det första som kunde köras på sex månader i VM-serien sedan coronapandemin tvingat arrangörerna att stryka eller skjuta upp en rad tävlingar. Svenska rallyt i februari är en av bara fyra deltävlingar som kunnat genomföras i år.
Sexfaldige världsmästaren Sebastien Ogier behåller ledningen i sammandraget efter att ha kommit trea i Estland. Tre deltävlingar återstår.