42-åringen vann den andra finalomgången i VM-serien före tvåan Kevin Hansen.
Johan Kristoffersson ledde länge finalen i Höljes, men drog på sig fem sekunders tidstillägg efter att ha kört på en banmarkering och slutade till sist på tredje plats.
Ekström gör tillfällig comeback i det svenska teamet KYB Team JC efter att lettländaren Janis Baumanis inte fått ihop ekonomin på grund av coronaviruset. Världsmästaren från 2016 blev tvåa i det första racet och ligger bara två poäng bakom Johan Kristoffersson som leder totalen i VM-serien på 56 poäng.