Resultatet innebär att Skellefteå nu har fyra förluster i rad.
Isac Heens gjorde två mål, övriga mål för bortalaget gjordes av Filip Karlsson-Tägtström, Joel Thulin och Calle Wäng, målen för Skellefteå gjordes av Albin Sundsvik 2, Johan Warg och Oscar Nilsson.
Med tre omgångar kvar är Skellefteå på sjätte plats i tabellen, medan Södertälje är på fjärde plats.
Nästa motstånd för Skellefteå är Karlskrona. Södertälje tar sig an Timrå borta. Båda matcherna spelas söndag 10 mars 12.00.