Skellefteås mål gjordes av William Persson och Adam Wilsby.
För Skellefteå gör resultatet att man nu ligger på fjärde plats i tabellen, medan AIK är på sjunde plats.
Skellefteå möter Djurgården i nästa match hemma söndag 6 oktober 12.00. AIK möter samma dag Luleå borta.