Efter en mållös första halvlek var Gottne starkare i andra halvlek.
Gottnes två mål gjordes av Nicklas Fahlén och Emir Ragipovic, som gjorde ett mål var.
Det här betyder att Gottne ligger på sjätte plats i tabellen, och Skellefteå är på fjärde plats.
Skellefteå tar sig an Anundsjö i nästa match hemma lördag 7 september 14.00.