Segern var Skellefteås femte på de senaste sex matcherna.
Hemmalagets mål gjordes av Måns Forsfjäll och William Persson.
Resultatet innebär att Skellefteå ligger kvar på andra plats och AIK på fjärde plats i tabellen.
Skellefteå tar sig an Västerås i nästa match hemma söndag 2 februari 12.00. AIK möter samma dag 11.00 Timrå borta.