Skälet är att flaggan för många ses som en symbol för slaveri och rasism.
"Det går emot vårt mål att ha en välkomnande och inkluderande omgivning", skriver racingserien i ett uttalande.
Flaggan för Amerikas konfedererade stater har varit ett vanligt inslag på Nascar-banorna, framför allt i södra USA.
Beslutet kommer efter de omfattande protestaktionerna efter att en polis dödat den svarte mannen George Floyd. Den afroamerikanske Nascar-föraren Darrell Wallace sade i samband med söndagens lopp att han ville att sydstatsflaggan skulle bort från tävlingarna.
– Ingen borde känna sig obekväm när de kommer till ett Nascar-race, sade han.