Erik Hansson, Lukas Fredin, Ludwig Svensson Träff, Stefan Emmesjö och Lucas Edmonds nätade för hemmalaget, medan Liam Nilsson blev tvåmålsskytt för gästerna.
Resultaten i sista omgången betyder att Karlskrona slutar på andra plats i tabellen.
I nästa match, lördag 2 mars 12.00, har Karlskrona Brynäs hemma i NKT-Arena, medan Skellefteå spelar borta mot Malmö.