Linus Andersson gjorde två mål och Albin Sundsvik ett mål för Skellefteå, enda målskytt för Djurgården blev Felix Carenfeldt.
Resultatet innebär att Djurgården fortsätter toppa tabellen och Skellefteå ligger på nionde plats i tabellen.
I nästa match, söndag 4 november, har Djurgården Luleå hemma på Hovet 12.00, medan Skellefteå spelar borta mot AIK 11.00.