Resultatet innebär att Skellefteå nu har fyra förluster i rad.
Målgörare för Skellefteå var Måns Forsfjäll och William Persson.
För Djurgården gör resultatet att laget nu ligger på andra plats i tabellen, medan Skellefteå är på sjätte plats.
I nästa match, söndag 27 oktober 12.00, har Djurgården Luleå hemma i Stora Mossen, medan Skellefteå spelar borta mot AIK.