Han tog sedan sitt eget liv, enligt polisen.
Morden ägde rum strax före klockan 19 på torsdagskvällen lokal tid. I kyrkan pågick då ett ungdomsevenemang, enligt tidningen Des Moines Register.
Det har ännu inte berättats något mer om de två offren, men ett uttalande från kyrkoförsamlingen gör gällande att det är två av dess unga medlemmar.
I onsdags sköt en gärningsman ihjäl två läkare, en receptionist och en patient på en sjukhusmottagning i Tulsa, i delstaten Oklahoma.