Återföreningen sker tack vare qatarisk medlingshjälp. Barnen befinner sig nu på Qatars ambassad i Moskva.
Kiev har anklagat Moskva för att splittra familjer och föra bort barn till Ryssland med syfte att hjärntvätta dem. Moskva menar att förflyttningarna görs av säkerhetsskäl.
Internationella brottmåldomstolen (ICC) har utfärdat en arresteringsorder för Rysslands president Vladimir Putin och barnrättskommissionär Maria Lvova-Belova, just på grund av anklagelser om olagliga deportationer av ukrainska barn.
Under måndagen har Röda korset gått ut med att organisationen ska undersöka vad som hänt 23 000 personer som försvunnit i krigets kaos. Syftet är att fastslå huruvida personerna tillfångatagits, dödats eller tappat kontakten med sina anhöriga av andra skäl efter att ha tvingats på flykt.