Flygplanen och drönarna ska ha registrerats under lördagsmorgonen lokal tid. Flygen ska ha ackompanjerats av kinesiska fartyg som varit ute på "övning".
Diktaturen Kina har de senaste åren satt det demokratiska Taiwan – som man hävdar ska ingå i Kina – under ett allt hårdare militärt och politiskt tryck.
I januari valdes Lai Ching-Te till president i Taiwan. Före valet varnade Kina att det skulle leda till "krig och förfall". Lai Ching-Te tillträder posten 20 maj.
Lördagens kinesiska rörelser kommer samtidigt som USA och Filippinerna håller gemensamma militära övningar i närområdet.