Förslaget röstades igenom i båda kamrarna, som båda har republikansk majoritet, med överväldigande majoritet, sedan kongressen i en omröstning i lördags beslutat att påbörja en process för att ändra flaggan.
En kommission kommer nu att designa en ny flagga som invånarna får rösta om i november.
Mississippi är den enda amerikanska delstaten som ännu har kvar sydstatsflaggan i sin officiella flagga, sedan Georgia gjorde sig av med den 2003.
För många amerikaner är den en symbol för syds kamp mot nordstaterna och mot överstatlig inblandning, men den har också blivit en symbol för rasism och segregation.
Efter den senaste månadens protester mot rasism och polisvåld i USA har pressen ökat på Mississippi att göra sig av med sydstatsflaggan. Den senaste veckan har trycket ökat avsevärt från såväl delstatens företagarorganisation, som dess batistkyrka och idrottare.
Delstatens republikanske guvernör Tate Reeves har lovat att skriva på lagförslaget, men påpekar att segregation och rasism inte kommer att utplånas bara för att flaggan ändras. Att föra samman delstatens invånare "kommer att vara svårare än att återhämta sig från tornador, svårare än oöverträffade översvämningar, till och med ännu svårare än att bekämpa coronaviruset", skrev han på Twitter i lördags.