Hjälparbetare och lokalinvånare berättar att tungt beväpnad milis vid 11-tiden på lördagen, lokal tid, angrep staden Monguno, ett nav för flera ickestatliga organisationer i området. Minst 20 soldater dödades.
Enligt boende i staden tände angriparna också eld på en polisstation och flera regeringsbyggnader innan de jagades på flykt av stridsflygplan.
Ungefär samtidigt attackerades befolkningen i närliggande Nganzai där omkring 40 personer dödades.
Terrorrörelsen Islamiska statens västafrikanska gren Iswap, som misstänks för flera dödliga dåd i Nigeria den senaste veckan, säger sig ligga bakom attackerna.
Så sent som i tisdags massakrerade Iswap drygt 80 personer i en attack mot en annan by i regionen.
FN har fördömt lördagens attacker.
– Det är de senaste av för många sammandrabbingar som drabbar civila och hjälporganisationer, säger Edward Kallon, FN:s humanitära samordnare i Nigeria.