Carlos Wuant, medlem i landets oberoende kommitté som sent satts in för att hantera krisen, säger att läkarna avskedats för att ha stöttat hans uppmaning till frivilliga karantänåtgärder.
Fler än 30 läkarförbund har också velat se en frivillig karantän, men regeringen har vägrat införa en sådan med hänvisning till att viruset är "under kontroll".
Nicaragua har kritiserats för att knappt ha infört några åtgärder för att begränsa virusets spridning.
Enligt officiella siffror har 1 464 människor bekräftats smittade i landet, och 55 människor har avlidit sedan det första fallet konstaterades i mitten av mars.
Siffrorna har dock ifrågasatts.