Inrikesminister Juan Zapata säger till tv-kanalen Ecuavisa att attacken utfördes av 30 beväpnade personer som kom i båtar och bilar och öppnade eld i en hamn där uppemot 2 000 personer befann sig.
Bakgrunden uppges vara en hämndaktion i en konflikt mellan rivaliserande gäng, där fiskare i staden valt en rivaliserande gäng för beskydd.