Dådet genomfördes natten till söndagen enligt lokal polis, som skriver på sociala medier att "tio personer dödades och en skadades".
Hamnstaden är Ecuadors största stad och ett viktigt handelscentrum med stor ekonomisk betydelse för landet. Den är dessutom en av de viktigaste hamnstäderna utefter Latinamerikas kust mot Stilla havet.
Guayaquil har också utvecklats till en av de mest utnyttjade hamnarna för illegal narkotikaexport, vilket lett till ökad oro och våldsamhet mellan stridande knarkkarteller.