Händelsen inträffade vid halvfyra-tiden natten till fredagen och den misstänkte mannen anhålls senare av åklagare.
Han misstänks för sammanlagt två båtstölder och bägge båtarna tas i beslag av polisen.
– Han tas på bar gärning, det är allmänhet som ser att en båt från Manhemskajen tillgrips och ringer oss och det gäller två båtar. Vi skulle också vilja få ut att de som har båtar i Skellefteälven ska kolla om de finns kvar, säger Lars-Marthin Markstedt vid Skelleftepolisen och tillägger att den anhållne mannen förnekar brott men står även under åtal för annan brottslighet.