Efter att det uppstått misstankar om två äldre fall av våldtäkt mot barn med koppling till Skellefteå, så beslutade åklagare för en tid sedan att mannen skulle anhållas i sin frånvaro och att polisen skulle börja att leta efter mannen.
Vid sex-tiden på onsdagsmorgonen greps mannen i trakten av Stockholm, då han var på resande fot.
Ett par timmar senare beslutade åklagaren att 40-åringen skulle sitta fortsatt anhållen hos polisen i Stockholm.
Det genomfördes också ett förhör med mannen, som under torsdagen satt anhållen hos Solnapolisen.
Under torsdagen begärde åklagare Andreas Nyberg att 40-åringen ska häktas misstänkt för de dubbla våldtäktsbrotten.