Mannen, som är i 45-årsåldern, förnekar brott.
– Han har inte velat lämna någon berättelse om vad som egentligen har hänt. Men vi vet att det inte använts tillhyggen eller vassa föremål, säger vice chefsåklagaren, Lindha Strömberg.
När pappan kommer in i rättssalen är han märkbart påverkad av sina skador, på flera ställen av kroppen finns bandage och han har även svårt att gå. Under förhandlingen ger han ett lugnt och sansat intryck.
Sedan lång tid tillbaka pågår en vårdnadstvist mellan pojkens föräldrar. Tingsrätten har beslutat att mamman ska ha vårdnaden av pojken och att pappan har rätt till umgänge. I juni valde dock mamman att inte överlämna pojken till pappan sedan hon fått samtal från en utländsk ambassad om att pappan ansökte om pass till pojken. Hon var oroad över att pappan skulle föra honom ur landet.
I december fattade Luleå tingsrätt beslut om att begränsa pappans umgänge till ett par timmar varannan helg då rätten ansåg att det fanns en risk för att pappan skulle föra pojken ur landet. Domen meddelades 8 december, fyra veckor senare påträffades pojken död i pappans bostad.
– Vi tittar alltid på möjliga motiv till ett sånt här dåd förstås. Den här pågående vårdnadstvisten där mamman fått nästan all vårdnad eller umgänge är självklart en del som vi tittar på, säger Lindha Strömberg.
Hon säger också att de tittat på om det kan finns ett hedersrelaterat motiv till brottet.
– Vi har inte sett något tecken på det. Jag har inte släppt det men det är heller inget vi aktivt tittar på. Numera kollar vi alltid på den delen eftersom det är något som blivit mer uppmärksammat hos oss när det händer saker i familjer.
Nu fortsätter förundersökningen, ännu saknas rättsläkarens slutgiltiga besked om pojkens dödsorsak.
– Vi väntar även på rättsläkarens utlåtande om mannens skador, säger Lindha Strömberg.
Åtal ska vara väckt senast 26 januari.
– Jag kommer med all sannolikhet att begära mer tid.