Utbrottet beskrivs som snabbt och aggressivt.
Första fallet kom fredag eftermiddag, på lördag eftermiddag fattades beslutet att stänga och utrymma hela fjällstationen med sina 200 bäddplatser, och tältplatser.
LÄS MER: Fjällstationen stänger efter utbrott av magsjuka
På söndag kväll var endast två besökare kvar, sjuka och isolerade, men som skulle lämna under måndagen.
Det är oklart var utbrottet kommer ifrån.
– Vi gissar att det är vinterkräksjuka då det är ett otroligt aggressivt förlopp, säger Maria Persson, operativ fjällchef på Svenska turistföreningen.
Hon befinner sig just nu i Kiruna kommun men är inte på plats i Kebnekaise. I eftermiddag har hon möte med en liten operativ ledningsgrupp, som fattar beslut utifrån rådande läge.
Hur mycket förlorar ni ekonomiskt på att ha stängt?
– Det är flera hundratusen per dag som vi har stängt, men det är sekundärt. Just nu är vår personal och våra gäster det viktigaste.
Är ni oroliga för att det ska sprida sig till andra anläggningar?
– Ja, det är vi ju. Vi har vidtagit extra åtgärder och försöker säkerställa att det är noga med personlig hygien. Är det vinterkräksjuka hjälper inte handsprit, då är det tvål och vatten.
Magsjukan har inte lyckats få fäste bland personalen, där har totalt tre personer smittats under den här tiden, berättar Maria Persson.
Hur kommer det sig att de har klarat sig bättre?
– Det undrar vi också, faktiskt. Men det är ju positivt.
Hur är stämningen bland personalen?
– De är vid gott mod. De har varit helt fantastiska och arbetat på under den här situationen. Det har varit många frågor och oro från gäster. Mycket att hantera på plats och folk som ringer och frågar.
Anläggningen ska saneras inför öppningen på torsdag.
– Vi tänker preliminärt från lunch. Vi öppnar bara för bokade boendegäster då, för att minska antalet gäster inne på anläggningen. Vi tar inte emot tältgäster fram till 18 augusti.
Det är endast bokade boendegäster på Kebnekaise fjällstation samt i fjällstugorna Abiskojaure, Alesjaure, Tjäktja, Sälka och Singi, som är välkomna.
De vanliga vattentoaletterna är ur funktion på fjällstationen efter att reningsverket blivit skadat. Det är utedass som gäller.
Bland annat flygs bajamajor upp från Nikkaloukta.
– Vi kommer flyga ner alla bajamajor vi har här. De ska tömmas och saneras innan de kommer på plats igen. Allt ska vara klart till vi öppnar på torsdag, säger Maria Persson.
Senast STF Kebnekaise stängde på grund av magsjuka var i april 2012, efter att den rört sig längs Kungsleden i flera veckor.