"Orsaken var en teknisk driftstörning som nu är åtgärdad", skriver Sofia Sjöman Waas, pressansvarig, i ett mejl till TT.
Alla butiker var öppna som vanligt och under tiden som problemen pågick kunde kunder betala med kontanter.
Systembolagets presschef Katinka Wall uppgav tidigare att det inte fanns några misstankar om en it-attack.