Planeringen kring Norrbotniabanan sker tillsammans med Trafikverket, som står för bygget att själva järnvägen. Men banan kommer även att påverka delar av tätorterna längs sträckningen, det vill säga Bureå, Skellefteå och Byske. Det kommer att innebära markintrång med ny– och ombyggnader av infrastruktur.
Kommunerna längs banan ska även bygga terminaler och stationer samt sammanhörande funktioner. För Skellefteå betyder det resecenter på de tre orterna, samt en terminal för gods i Skelleftehamn. Resecentrum i Skellefteå beräknas kosta 250 miljoner kronor och i Bureå och Byske 50 miljoner kronor vardera. En godsterminal i Skelleftehamn går på cirka 100 miljoner kronor.
Norrbotniabanan skär av en stor del av kommunens ledningsnät. Då delar av VA-nätet är åldrat kommer också delar av nätet att behöva byggas om av kommunen. Inga detaljerade undersökningar har gjorts om denna infrastruktur ännu så osäkerheten är stor gällande kommunens kostnader. Men den uppskattas landa på 50–100 miljoner kronor. Det kommer även att behövas en del vägåtgärder längs banan som kommunen ska finansiera.
I underlaget till beslutet framgår att kostnaderna är beräknade förkalkyler och skattningar och att osäkerheten därför är betydande. Statens investeringar i Norrbotniabanan genom Skellefteå är enligt underlaget 10–15 miljarder kronor.