Federala åklagare lämnade in åtalet den 12 augusti till delstatsdomstolen i Jena, som kommer att avgöra om och när ärendet går till rättegång, rapporterar AP.
De två åtalade planerade att skjuta poliser och andra personer vid riksdagshuset i Stockholm, enligt åklagarna. De försökte vid upprepade tillfällen få tag på vapen, men misslyckades.
Männen greps i Gera i östra Tyskland och har suttit häktade sedan i våras.
Männen, som är afghanska medborgare, misstänkts ha koppling till en gren av terrorgruppen IS och ska ha planerat dådet som hämnd för koranbränningar i Sverige.