Enligt Norrbottens-Kuriren har pojken, som enligt uppgifter i lokala medier är i yngre tonåren, träffats i benet. Han ska ha gått mot polispatrullen beväpnad med en trädgårdsspade.
"Vid 03:40-tiden beordras en patrull till en butik i Haparanda centrum efter larm om pågående inbrott. När patrullen anländer till platsen uppstår tumult och en polis avlossar verkanseld", skriver polisen på sin hemsida.
Pojken är förd till sjukhus för omvårdnad.
-Vad vi förstod vid tillfället ska det inte ha rört sig om livshotande skador, säger polisens kommunikatör Maria Jakobsson till TT.
Ytterligare en person sprang från platsen men greps senare av polisen. Båda personerna är misstänkta för mordförsök och inbrott.
En anmälan om tjänstefel har upprättats, vilket är rutin efter att en polis avlossat sitt vapen mot någon. Platsen är avspärrad för teknisk undersökning.