I domen fick Boliden Mineral, som vill bryta malm och gråberg i ett dagbrott i Liikavaara söder om Gällivare, artskyddsdispens för åkergroda och bred gulbrämad dykare.
Mark- och miljödomstolen motiverade beslutet med att en utökad brytning hade ett angeläget allmänt intresse, men också att den var central för tillgången på kopparråvara nationellt och i ett europeiskt perspektiv.
Att det därför fanns "tvingande skäl som har ett allt överskuggande allmänintresse".
I veckan landade en överklagan på Mark- och miljööverdomstolens bord.
Naturvårdsverket konstaterar att det i dag är oklart vilken betydelse koppar kommer att ha i framtiden. Koppar finns till exempel inte med på den så kallade "kritiska listan" för 2020, där EU- kommissionen placerar råvaror av avgörande betydelse.
"I stället konstateras att Europa har en lång tradition av gruv- och utvinningsverksamhet och världsdelen är välförsedd med bland annat vissa basmetaller såsom koppar."
Naturvårdsverket pekar också på att Boliden anfört att Liikavaarafyndigheten tillför rikare malm. I tillstånd för Aitikgruvan 2014 angavs en halt på cirka 0,24 procent. För Liikavaara anger gruvbolaget 0,26 procent.
Att det finns begränsad praxis från mark- och miljödomstolen när det gäller frågan om vad som ska anses utgöra tvingande skäl är ett annat skäl till överprövning, menar Naturvårdsverket.