Våldsamheterna, som ännu pågick på tisdagen, utbröt redan under söndagskvällen, uppger källor för nyhetsbyrån Suna.
Det som föranledde sammandrabbningarna var att demonstranter tillhörande den etniska gruppen Nuba i anslutning till en protest mot en ny guvernör tog sig in i ett område dominerat av den etniska gruppen Beni Amer.
Nuba kommer ursprungligen från landets södra delar, som under många år plågats svårt av inbördeskrig, medan Beni Amer kommer från landets östra delar. Spänningar har sedan tidigare funnits mellan grupperna.
För att stävja våldet har polisförstärkningar skickats till staden och utegångsförbud har införts under nätterna.