Beslutet kommer efter att CNN i maj publicerat en övervakningsfilm från 2016 som visar hur Combs misshandlar exflickvännen Casandra "Cassie" Ventura i en hotellkorridor.
Universitetet säger i ett uttalande att det som syns från övervakningsfilmen "är så fundamentalt oförenligt Howard Universitys grundläggande värderingar att han (Combs) inte längre bedöms värdig lärosätets hederstitel".
Sedan november förra året har flera kvinnor och en man anklagat musikmogulen för grova sexuella övergrepp. Combs nekar till anklagelserna.