Stiftelsen anklagas även för att "aktivt stötta fejkpatrioter och medlemmar i bannlysta terror- och extremistgrupper", rapporterar nyhetsbyrån AFP.
Beskedet kommer sedan stiftelsen, tillsammans med flera andra ickestatliga organisationer, i juli lagt fram ett fall till FN:s kommitté för mänskliga rättigheter där Ryssland anklagas för brott mot mänskliga rättigheter i Ukraina.
Tidigare i sommar stämplades bland andra den oberoende tidningen The Moscow Times och tyska Konrad Adenauer-stiftelsen, som arbetar med demokratifrågor, som "icke önskvärda" av Rysslands riksåklagare.
Stämpeln innebär att organisationerna tvingas avsluta sin verksamhet i Ryssland, samt att ryssar som samarbetar med eller finansierar dem kan åtalas.